Sygdommen medfører nogle gange komplikationer.

De mest almindelige er:

• Blodmangel: kan være en følge af blødning eller fordi betændelsen har nedsat kroppens blodproduktion.
• Hul i tarmen: Ved svær betændelse kan tarmvæggen blive så påvirket, at den lækker. Operation kan blive nødvendig.
• Forsnævringer: Ardannelse eller betændelse kan give forsnævninger. Disse ”flaskehalse” kan gøre, at tarmindholdet sætter sig som en prop. Operation kan blive nødvendig. Ses ved Crohns sygdom.
• Bylder: De ses mest ved endetarmsåbningen. De kan være nødvendigt at lave en mindre operation for at få betændelsen ud.
• Fistler: Der dannes en tynd forbindelse mellem to tarmstykker eller mellem tarm og hud (ofte ved endetarmsåbningen). Ses ved Crohns sygdom.
• Fissurer: Revner ved endetarmsåbningen, som kan gøre meget ondt. Ses ved Crohns sygdom.
• Ledbetændelse: Hævelser og ømhed i et eller flere led.
• Knuderosen: Hududslæt.
• Betændelse i regnbuehinden: Symptomer er smerter i øjet, uskarpt syn, hovedpine og rødme i det hvide i øjet. Skal behandles hurtigt med øjendråber indeholdende binyrebarkhormon.
• Leversygdom: Forhøjede leverblodprøver p.g.a. betændelse i galdegange eller i levervævet. Behandles med binyrebarkhormon og immundæmpende medicin.